Druga sezona se sastoji od ukupno 22 epizode i prvi put je emitovana od 21. avgusta 2006. do 2. aprila 2007. godine. Predstavljen je novi glavni lik koji je specijalni agent FBI-a Alekander Mahone, kojeg je predstavio Villiam Fichtner. Prva polovina sezone se vrti oko puta bekstva prema njihovoj porodici, Vestmorelandovom novcu i Michaelovom planu da pobegne iz zemlje. Druga polovina sezone se fokusira na zaveru serije. Radnja sezone traje oko tri nedelje života glavnih uloga.
Priča se nastavlja osam sati nakon štosu zatvorenici izašli iz zatvora u Foks Riveru, fokusirajući se uglavnom na begunce. Begunci putuju po mestima širom Amerike, dok ih vlasti blisko prate, jer svaki od njih ima svoje individualne ciljeve. U međuvremenu, “Kompanija” nastavlja svoj plan da locira i eliminiše Lincolna Burrovsa i druge koji im se nađu na putu. Veći deo priče o zaveri se završava do kraja sezone.
Prison Break 